- Jalur 1A Candi Prambanan - Bandar Udara Adisutjipto - Jembatan Layang Janti - Ambarrukmo Plaza - UIN Sunan Kalijaga - Saphir Square - Bioskop XXI, Jl Solo - Rumah Sakit (RS) Bethesda - Toko Buku (TB) Gramedia - Hotel Santika - Kantor Kedaulatan Rakyat - Stasiun Tugu - Jalan Malioboro - Pasar Beringhardjo - Benteng Vredeburg - Monumen 1 Maret - Kantor Pos Besar - Keraton Yogyakarta - Alun-Alun Utara - Taman Parkir Bank Indonesia - Taman Pintar - Gondomanan - Pasar Sentul, Jl Taman Siswa - Taman Makan Pahlawan Kusumanegara - Balaikota Yogyakarta - Kebun Binatang (KB) Gembira Loka - Jogja Expo Center (JEC) - Jembatan Janti - kembali ke arah Kalasan, Bandar Udara Adisutjipto sampai Terminal Prambanan.
- Jalur 1B Terminal Prambanan - Kalasan - Bandara Adisutjipto - Maguwoharjo - Janti (lewat bawah) - Blok O - JEC - Babadan - Gedongkuning - KB Gembira Loka - SGM - Pasar Sentul - Gondomanan - Kantor Pos Besar - RS PKU Muhammadiyah - Pasar Kembang - Badran - Bundaran Samsat Kota Yogyakarta - Pingit - Tugu - TB Gramedia - Bundaran UGM - Kolombo - Demangan - UIN Sunan Kalijaga - Janti - Maguwoharjo - Bandara Adisutjipto - Kalasan -Terminal Prambanan.
- Jalur 2A Terminal Jombor - Monjali - Tugu - Stasiun Tugu - Malioboro - Kantor Pos Besar - Gondomanan - Jokteng Wetan - Tungkak - Gambiran - Basen - Rejowinangun - Babadan - Gedongkuning - KB Gembira Loka - SGM - Cendana - Mandala Krida - Gayam - Jembatan Layang Lempuyangan - Kridosono - Duta Wacana - Galeria - TB Gramedia - Bunderan UGM - Kolombo - Gejayan - Terminal Condongcatur - Kentungan - Monjali - Terminal Jombor.
- Jalur 2B Terminal Jombor - Monjali - Kentungan - Terminal Condong Catur - Gejayan - Kolombo - Bundaran UGM - TB Gramedia - Kridosono - Duta Wacana - Jembatan Layang Lempuyangan - Gayam - Mandala Krida - Cendana - SGM - KB Gembiraloka - Babadan - Gedongkuning - Rejowinangun - Basen - Tungkak - Jokteng Wetan - Gondomanan - Kantor Pos Besar - RS PKU Muhammadiyah - Ngabean - Wirobrajan - BPK - Badran - Bundaran Samsat Kota Yogyakarta - Pingit - Tugu - Monjali - Terminal Jombor.
- Jalur 3A Terminal Giwangan - Tegalgendu - HS Silver - Pegadaian Kotagede - Basen - Rejowinangun - Babadan - Gedongkuning - JEC - Blok O - Janti (lewat atas) - Maguwoharjo - Bandara Adisutjipto - Maguwoharjo - Ringroad Utara - Terminal Condongcatur - Kentungan - MM UGM - Mirota Kampus - Terban - Gondolayu - Tugu - Pingit - Bundaran Samsat Kota Yogyakarta - Badran - Pasar Kembang - Stasiun Tugu - Malioboro - Kantor Pos Besar - RS PKU Muhammadiyah - Ngabean - Jokteng Kulon - Plengkung Gading - Jokteng Wetan - Tungkak - Wirosaban - Tegalgendu - Terminal Giwangan.
- Jalur 3B Terminal Giwangan - Tegalgendu - Wirosaban - Tungkak - Jokteng Wetan - Plengkung Gading - Jokteng Kulon - Ngabean - RS PKU Muhammadiyah - Pasar Kembang - Badran - Bundaran Samsat Kota Yogyakarta - Pingit - Tugu - Gondolayu - Mirota Kampus - MM UGM - Kentungan - Terminal Condong Catur - Ringroad Utara - Maguwoharjo - Bandara Adisutjipto - Maguwoharjo - Janti (lewat bawah) - Blok O - JEC - Babadan - Gedongkuning - Rejowinangun - Basen - Pegadaian Kotagede - HS Silver - Tegalgendu - Terminal Giwangan.
Untuk Jalur 4A dan 4B, yang beroperasi mulai Oktober 2010 lalu, telah ditutup pada Oktober 2011.
UPT Trans Jogja
Dishubkominfo DIY
Penulis : Igt Sigit Widya Purna N
Editor : Hanan Wiyoko
Peta jalur bisa dilihat pada gambar (klik untuk memperbesar):
Sumber tulisan jalur bus trans Jogja hasil copas dari Tribun Jogja peta dari Bung Rizki Beo